1、局部反应：在安慰剂对照双盲实验中，疫苗接种的最常见副作用是接种部位疼（影响10—64%的病人）；可延续至注射流感疫苗之后两天等。在接种疫苗后24小时内，接种者可感觉注射部位疼痛和触痛。这些反应一般较轻和短暂。在多数情况中，它们在2至3天内自动消失，不需要进一步的医疗措施。
2、轻度不良事件：在整体上，接受者能较好地耐受流感疫苗。这些疫苗是灭活的，即其中只包含无感染能力的病毒，显然不能引起疾病。因此，接种疫苗后的呼吸道疾病是与流感疫苗无关的偶然疾病。14次按性别进行分析的研究显示，女性（无论年幼或年老）报告的局部反应显著地更多。
3、全身反应：也可出现轻度全身反应。以前未接触过疫苗中抗原的人（例如，儿童）可出现发热、全身不适和肌痛。这些反应在接种疫苗后6—12个小时内发生，一般持续1—2天。