因滴虫性阴道炎可同时有尿道、尿道旁腺、前庭大腺滴虫感染，欲治愈此病，需全身用药，主要治疗药物为甲硝唑及替硝唑。
1、全身用药
初次治疗可用甲硝唑2g，单次口服;或替硝唑2g，单次口服；或甲硝唑400mg，每日2次，连服7日。口服药物的治愈率为90%-95%。
服药后偶见胃肠道反应，如食欲减退、恶心、呕吐。此外，偶见头痛、皮疹、白细胞减少等，一旦发现应立即停药。甲硝唑用药期间及停药24小时内，替硝唑用药期间及停药72小时内禁止饮酒，哺乳期用药不宜哺乳。
2、性伴侣的治疗
滴虫性阴道炎主要通过性行为传播，性伴侣应同时进行治疗，治疗期间禁止性交。
3、随访
治疗后无症状者无需随访。对甲硝唑2g单次口服，治疗失败且排出再次感染者，增加甲硝唑疗程及剂量仍有效。若为初次治疗失败，可重复应用甲硝唑400mg，每日2次，连服7日;或替硝唑2g，单次口服。若治疗仍失败，给予甲硝唑2g，每日1次，连服5日或替硝唑2g，每日1次，连服5日。
4、妊娠合并滴虫性阴道炎的治疗
甲硝唑2g顿服;或甲硝唑400mg，每日2次，连服7日。应用甲硝唑时，最好取得患者及其家属的知情同意。
5、治疗中的注意事项
有复发症状的病例多数为重复感染，为避免重复感染，内裤及洗涤用的毛巾应煮沸5-10分钟以消灭病原体，并应对其性伴侣进行治疗。因滴虫性阴道炎可合并其他性传播疾病，应注意有无其他性传播疾病。